Banyaknya agama, keyakinan dan kepercayaan di Indonesia merupakan hiteroginitas dan cermin pengakuan hak asasi dalam berkeTuhanan Yang Maha Esa. Eksistensi agama di Indonesia ada dalam posisi minoritas dan mayoritas, oleh karena itu hak asasi beragama baik yang ada dalam posisi minoritas maupun mayoritas dijaga untuk memiliki hak yang sama. Hal ini dijamin oleh Undang-Undang Dasar (Konstitusi), sehingga tidak terjadi prinsip marginalisasi yang bertentangan dengan konsep hak asasi manusia yang diatur dalam undang-undang.
Kebebasan beragama sebagaimana dimaksud dalam pasal 28E dikaitkan dengan pasal 29 ayat (1) UUD 1945, bahwa kebebasan dalam memeluk agama dan beribadat menurut agamanya tersebut yang berdasar pada keTuhanan Yang Maha Esa, artinya pengakuan adanya Tuhan Yang Esa yang menjadi sendi bernegara, oleh karena itu setiap werganegara diwajibkan memeluk agama yang mengakui Tuhan Yang Maha Esa. Kebebasan memeluk agama sebagaimana dimaksud dalam UUD 1945 tersebut, bebas memeluk agama artinya kebebasan untuk memilih salah satu agama yang diyakini yang mengakui adanya Tuhan Yang Maha Esa, bukan bebas utuk tidak memiliki agama. Di negara Indonesia setiap warga negara diwajibkan untuk memiliki agama, apapun agama yang dipilih dan di akui oleh negara. Hal ini sangat berbeda dengan negara-negara lain yang memberikan kebebasan bagi warganegaranya untuk beragama atau tidak beragama (atheis).
Namun kenyaanya sekarang tidak sering kita jumpai beberapa tindak kriminalitas yang mengatasnamakan agama sebagai bahan legalisasi,terorisme pun di anggap suatu perbuatan yang baik bahkan di anjurkan dengan term jihad.Ke depan, guna memperkokoh kerukunan hidup antar umat beragama di Indonesia yang saat ini sedang diuji kiranya perlu membangun dialog horizontal dan dialog Vertikal.
